Die Ursachen für wetterbedingte Sperren der Wasserstraße Donau sind in der Regel entweder erhebliche Eisbildung oder starkes Hochwasser. Zu erheblicher Eisbildung kann es aufgrund lang anhaltender, weit unter dem Gefrierpunkt liegender Temperaturen kommen. Behinderungen aufgrund von Eisbildung treten hauptsächlich im Januar oder im Februar auf. Hochwässer sind die Folge einer raschen Schneeschmelze oder von sehr starken Regenfällen. Hochwassersituationen ereignen sich meist zu Beginn des Frühjahres oder im Hochsommer. Der Schiffsverkehr ist während dieser wetterbedingten behördlichen Sperren nicht möglich.

Im Jahr 2010 war der österreichische Streckenabschnitt der Wasserstraße Donau an 361 Tagen oder zu 98,9 % des Jahres für die Schifffahrt verfügbar. Aufgrund eines Hochwassers Anfang Juni mussten Teile der österreichischen Donau bis zu vier Tage lang gesperrt werden. Zu erheblicher Eisbildung kam es in diesem Jahr allerdings nicht.

Im fünfzehnjährigen Jahresdurchschnitt von 1995–2010 war die Wasserstraße Donau in Österreich an 98,2 % der Tage oder an 359 Tagen pro Jahr für die Schifffahrt befahrbar. Selbst im Jahr 1997, in dem die längsten Eis- und Hochwassersperren während des genannten Beobachtungszeitraumes zu verzeichnen waren, lag die Verfügbarkeit der Wasserstraße noch bei 83,8 %.

In Niederwassersituationen erfolgt keine Sperre der Donau, allerdings kann bei niedrigen Wasserständen die Wasserstraße von der Güterschifffahrt nur sehr eingeschränkt genutzt werden. Der Zusammenhang zwischen der möglichen Auslastung der Güterschiffe und der verfügbaren Fahrwassertiefe wird im folgenden Kapitel «Fahrwasserverhältnisse» erläutert.

Für den Wechselverkehr mit dem Westen ist neben den österreichischen und deutschen Abschnitten der Wasserstraße Donau die Verfügbarkeit des Main-Donau-Kanals als Verbindung zum Main und zum Rhein von großer Bedeutung. Bei detaillierter Betrachtung zeigt sich, dass die Verfügbarkeit dieser Verbindung nicht ganz so hoch ist wie jene der Wasserstraße Donau. Obwohl Hochwassersperren in der Regel nicht vorkommen, muss die Schifffahrt auf dem Main-Donau-Kanal häufiger wegen Eisbildung eingestellt werden. Darüber hinaus werden in manchen Jahren Erhaltungs- und Umbaumaßnahmen mit einer Dauer von etwa zwei Wochen durchgeführt, welche eine Sperre der Schifffahrt notwendig machen.

Im ersten Quartal des Jahres 2010 war der Main-Donau-Kanal aufgrund von Eisbildung für die Schifffahrt an 35 Tagen gesperrt (26. Januar bis 1. März). Eine Auswertung der Sperren der letzten 15 Jahre ergibt eine durchschnittliche jährliche Verfügbarkeit des Main-Donau-Kanals von rund 344 Tagen oder 94,2% des Jahres.