Vom Ausbruch des Ersten Weltkrieges war auch die Donauschiffahrt in hohem Maße betroffen. Nicht nur, dass ein großer Teil der Flotte für militärische Zwecke herangezogen worden ist, waren die Folgen des Friedensschlusses für die DDSG existenzbedrohend, da sie rund die Hälfte ihres Schiffsparks an die Nachfolgestaaten abgeben musste. Darüber hinaus wurde die Donau internationalisiert, die schiffbaren Nebenflüsse und Kanäle wurden zu nationalen Gewässern erklärt, weshalb sie von der DDSG nicht mehr befahren werden konnten.
Mit den von der DDSG abgetretenen Schiffen entwickelten sich neue nationale Reedereien, die mit den bestehenden Schiffahrtsgesellschaften in Wettbewerb traten. Um dieser Entwicklung wirksam begegnen zu können, wurde über Anregung der DDSG eine zunächst aus deutschen, österreichischen und ungarischen Reedereien bestehende Betriebsgemeinschaft gebildet, die auf der Grundlage einheitlicher Tarife die anfallenden Frachtmengen gerecht auf alle Beteiligten aufteilte. Gleichzeitig wurde ein ambitioniertes Modernisierungsprogramm der Flotte eingeleitet, das vor allem durch den Übergang von der Dampf- zur Motorschifffahrt sowie vom Raddampfer zum Schraubenschiff gekennzeichnet war.
Der Zweite Weltkrieg führte nicht nur zu einer Eingliederung der DDSG in den Konzern der Reichswerke "Hermann Göring", sondern auch zu einem äußerst großangelegten Investitionsprogramm für die in der deutschen Schiffahrtsgruppe zusammengefassten Gesellschaften DDSG, CMSG (beide Wien) sowie Bayerischer Lloyd (Regensburg) und Johann Wallner (Deggendorf), das unter der Federführung der DDSG abgewickelt wurde. Zwischen 1939 und 1944 wurden im Rahmen dieses "Sofortprogrammes 1939" nahezu 60 Zugschiffe, 250 Tank- und 100 Güterkähne in den Werften zwischen Regensburg und Budapest erbaut. Die bekanntesten Typen dieser Epoche sind die Zugschiffe der Type N (z.B. MZS "Freudenau") und der Type R (z.B. MZS "Langegg") sowie die Güter- und Tankkähne mit 1.000 Tonnen Tragfähigkeit, die sogenannten 10.000-er bzw. 97-er.
Nicht wenige dieser damals von Stapel gelaufenen Fahrzeuge sind noch immer im Einsatz und haben sich so sehr bewährt, dass in der Nachkriegszeit von einigen Serien noch eine Reihe von Nachbauten angefertigt wurden. Allerdings sind viele der im Zweiten Weltkrieg erfolgten Flottenzugänge infolge der Kampfhandlungen vor allem im Bereich der unteren Donau auch bald wieder verloren gegangen bzw. nach Kriegsende in den Besitz osteuropäischer Reedereien gelangt.
Die Kriegsfolgen 1945 waren für die DDSG noch verheerender als nach dem Ersten Weltkrieg. Die Gesellschaft verlor 83 % ihres Vermögens, im Besonderen ihr gesamtes unterhalb der österreichischen Staatsgrenze befindliches Eigentum, darunter die Schiffswerft in Budapest sowie das Bergwerk in Fünfkirchen. 1946 wurde die DDSG verstaatlicht. Infolge der Teilung Österreichs in vier Besatzungszonen befand sich der oberösterreichische Donauabschnitt unter amerikanischem und die Strecke unterhalb der Ennsmündung bis Hainburg unter sowjetischem Einfluss. So kam es zu der etwas eigenartigen Situation einer österreichischen DDSG mit Sitz in Linz und einer russisch verwalteten DDSG in Wien. Die Sowjetunion erhob allerdings unter dem Titel "Deutsches Eigentum" auf den gesamten in Österreich verbliebenen Restbesitz der DDSG Anspruch und hat hierauf erst 1955 mit Abschluss des österreichischen Staatsvertrages gegen Entschädigung verzichtet.
Trotzdem konnte bereits 1946 der Personenverkehr zwischen Linz und Engelhartszell wieder aufgenommen werden, während der Güterverkehr zwischen Linz und Regensburg 1947 angelaufen ist. Allerdings war es der österreichischen DDSG erst Ende 1950 wieder möglich, ihren Verkehr nach Wien auszudehnen, und 1953 ging erstmals ein Schiff unter österreichischer Flagge in Richtung Ungarn in Fahrt.
Ab 1949 wurden die ersten Schiffsneubauten auf Kiel gelegt. Um zu verhindern, dass diese ebenfalls von der Sowjetunion beansprucht werden konnten, wurden sie unter der Reedereibezeichnung "Österreichische Bundesschiffahrt" (ÖBS) in Betrieb genommen und von der DDSG angemietet.
Nach der durch Abschluss des Staatsvertrages eingetretenen Normalisierung konnte die DDSG neben der 1922 gegründeten und seit 1945 ebenfalls unter österreichischer Flagge geführten Continentalen Motorschiffahrts-AG (COMOS) ihren Verkehr auf der gesamten schiffbaren Strecke bis zur Donaumündung aufnehmen, wobei Kohle-, Erz- und Mineralöltransporte für die VoeST in Linz den Schwerpunkt des Güteraufkommens bildeten. Die jährlichen Beförderungsmengen stiegen von rund 180.000 Tonnen im Jahre 1947 bei ständig rückläufigem Personalstand bis Ende der 1980er-Jahre auf mehr als 3.500.000 Tonnen an.
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