Um sowohl den Anforderungen des Massengutverkehrs infolge der nach 1955 voll angelaufenen Südosttransporte aber auch dem ständig wachsenden Westverkehr gerecht zu werden, erschien eine durchgreifende Modernisierung der Flotte dringend geboten. Da sich die Ära der Dampfschiffahrt vor allem aus Kosten- und Rationalisierungsgründen ihrem Ende näherte, wurde bei den österreichischen Werften in Linz und Korneuburg gegen Ende der Fünfzigerjahre eine Reihe von Neubauten in Auftrag gegeben, welche die Flottenkapazität sowohl hinsichtlich der Maschinenleistung als auch der Tragfähigkeit wesentlich verbessern sollten. Zunächst handelte es sich hierbei zwar noch um Motorzugschiffe und Güterkähne herkömmlicher Bauart, doch bereits ab 1964 ging eine Serie von Selbstfahrern von Stapel und 1969 wurde das erste Schubschiff der DDSG , MSS LINZ, mit 6 Schubleichtern in Dienst gestellt. Ein weiterer Rationalisierungsschritt erfolgte durch die Bildung sogenannter Schubkoppelverbände, das sind selbstfahrende Güterschiffe, die auf der unteren und mittleren Donau im Verband mit mehreren Schubleichtern eine Kapazität bis zu 10.000 Tonnen erreichen können.
Während bei der DDSG immerhin 125 Jahre hindurch Dampfschiffe im Einsatz waren, verkürzte sich der Zeitraum, in welchem Motorzugschiffe in Dienst gestellt worden sind, bereits auf rund 30 Jahre. Mit dem Übergang zur Schubschiffahrt hat sich in den letzten drei Jahrzehnten ein ungemein rasanter technologischer Wandel in der Binnenschiffahrt vollzogen, der die vergleichbare Entwicklung in fast eineinhalb Jahrhunderten zuvor bei weitem übertrifft und mit dem Einsatz von Ro-Ro-Verbänden und LASH-Leichtern gleichsam seinen Höhepunkt erreicht hat.
Mit der Eröffnung des bereits 1922 in Angriff genommenen Rhein-Main-Donaukanals im September 1992 ist eine durchgehende Wasserstraße von Rotterdam bis Sulina geschaffen worden, welche für die Donauschiffahrt spürbare wirtschaftliche Vorteile erwarten ließ, die aber bisher infolge der politischen Entwicklung im osteuropäischen insbesonders aber im jugoslawischen Donauraum nur zum Teil zum Tragen gekommen sind. Darüber hinaus haben die unterschiedlichen Eigentumsstrukturen der Rhein- und Donaureedereien sowie die allgemeinen Tendenzen in Richtung Privatisierung auch unter den überwiegend staatlich geführten Donauschiffahrtsgesellschaften zu tiefgreifenden Veränderungen in den Besitzverhältnissen geführt, die sich am Beispiel der DDSG anschaulich darstellen lassen.
Trotz massiver Sanierungsmaßnahmen, die unter beachtlicher Reduzierung des Personalstandes eine imposante Steigerung der Transportleistungen bewirkt hat, konnte die vom Eigentümer gewünschte Verbesserung der Betriebsergebnisse infolge der stagnierenden Tarifsituation nicht erzielt werden, weshalb man sich 1991 zu einer Umstrukturierung der Gesellschaft durch Ausgliederung der operativen Bereiche der Güter- und Personenverkehr entschlossen hat, wodurch es in weiterer Folge zu deren Verkauf an private Interessenten gekommen ist.
Die DDSG-Cargo GmbH, welche 1993 an die deutsche Stinnes-Reederei verkauft wurde, hat mittlerweile ihren Besitzer gewechselt und ist mit ihren zum Teil modernisierten Einheiten im gesamten Rhein-Donau-Bereich anzutreffen. Die Fahrgastflotte der DDSG-Donaureisen GmbH wurde zum überwiegenden Teil an die vom Wiener Hafen und dem Österreichischen Verkehrsbüro neugegründete Blue Danube-Gmbh veräußert, welche den Einsatz ihrer Flotte im wesentlichen auf den Wiener Raum und di Wachau beschränkt; die verbliebenen Einheiten älteren Typs wurden von privaten Reedern erworben und sind noch größtenteils in Betrieb.
Seit dem Niedergang der DDSG haben sich auch einige wenige Schiffahrtsunternehmen unter österreichischer Flagge etabliert, wobei allerdings ein Teil des ehemals österreichischen Flottenparks - hauptsächlich aus arbeitsrechtlichen bzw. entlohnungstechnischen Gründen - in Deutschland, Ungarn und der Slowakei registriert ist.
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