Die Binnenschifffahrt hat gegenüber der Straße im Verhältnis zum Energieeinsatz geringere CO₂ Emissionen, und emittiert auch deutlich weniger Kohlenwasserstoffe und Kohlenmonoxid. Im Vergleich zur Bahn kommt es auf die Herkunft des Stroms für den Bahnbetrieb an: Bei rein kalorischer Energiebereitstellung für die Bahn würden sich dreimal so hohe Emissionen der Bahn im Vergleich zum Binnenschiff ergeben. In Österreich ist die Bahn gegenüber dem Binnenschiff hinsichtlich der CO₂ Emissionen noch leicht im Vorteil, da der aktuelle Anteil an Wasserkraft bei der Energiebereitstellung für die Bahn relativ hoch ist. Künftige Verkehrssteigerungen bei der Bahn können jedoch überwiegend nicht mehr aus Wasserkraft abgedeckt werden (keine neue Wasserkraftwerke), sodass das Binnenschiff hinsichtlich der Transportanwüchse auch gegenüber der Bahn eine deutlich positive CO₂ Bilanz aufweisen wird.