Häfen sind neben den Wasserstraßen und den Binnenschiffen die dritte Säule des Systems Binnenschifffahrt. Zu den Grundfunktionen wie Umschlag und Lagerung zählt eine ganze Reihe logistischer Mehrwertleistungen für die Kunden wie Verpacken, Container Stuffing und Stripping, sanitäre Überprüfung und Qualitätskontrolle etc. Damit werden Häfen zu Logistikplattformen und Impulsgebern für Betriebsansiedlungen und wirtschaftlicher Entwicklung. Als intermodale logistische Knoten übernehmen die Häfen immer mehr die Drehscheibenfunktion zwischen verschiedenen Verkehrsträgern.

Reedereien sind kaufmännisch organisierte Schifffahrtsunternehmen, welche gewerbsmäßig die Organisation und Ausführung von Transporten übernehmen. Dabei können eigene oder fremde Schiffe zum Einsatz kommen. In jedem Falle werden mehrere Schiffe disponiert. Reedereien zeichnen sich dadurch aus, dass sie die Transporte vom Lande aus vorbereiten und leiten (anders als selbständige Schiffseigner, die nicht direkt über eine solche 'Landorganisation' verfügen).

Neben den Reedereien sind die zuvor schon erwähnten selbständigen Schiffer, Partikuliere genannt, am österreichischen Markt tätig. Die Partikuliere auf der österreichischen Donau sind ausschließlich Unternehmen aus den übrigen EU-Staaten (BRD, Belgien, Niederlande). Die meisten verfügen nur über ein einziges Motorgüterschiff, wenige besitzen bis zu drei. In der Regel sind Partikuliere zugleich auch Schiffsführer und besitzen meist keine kaufmännischen Niederlassungen an Land. Vielfach sind sie über Genossenschaften organisiert.

Reedereien und Partikuliere bedienen sich zum Vertrieb ihrer Dienstleistungen häufig Befrachtungsunternehmen. Dabei handelt es sich um Vermittler von Schiffsraum (Transportkapazität), die sich auf die Binnenschifffahrt spezialisiert haben.

Vorzufinden sind auch auf Binnenschifffahrt spezialisierte Speditionen bzw. spezialisierte Geschäftseinheiten von Speditionen. 

(Reederei-) Agenturen repräsentieren meist mehrere Schifffahrtsunternehmen (jeweils eines pro Fahrtgebiet oder Ladungsart) und erledigen alle Tätigkeiten eines Handelsvertreters in fremdem Namen, aber auf eigene Rechnung. Dies umfasst Ladungsakquisition, Erstellung von Dokumenten, Fakturierung und Einziehung von Frachten, Bearbeitung von Reklamationen etc.