Für Spezialtransporte, d. h. der Transport von Schwergut bzw. übergroßen Ladungen (z.B. Baumaschinen, Generatoren, Turbinen, Windkraftanlagen, etc.) sind Binnenschiffe aufgrund ihrer Abmessungen und der Infrastruktur geradezu für den Transport von großvolumigen und besonders sperrigen Gütern prädestiniert. Der große Vorteil gegenüber der Straße besteht darin, dass keine Anpassungen der Verkehrswege, wie z.B. Demontage von Ampeln und Wegweisern, Schutzabdeckung von Pflanzen erforderlich sind, aber auch die Belastungen der Allgemeinheit, durch Straßensperren, Überholverbote oder Lärmbelästigung entfallen beim Transport per Binnenschiff.

Beim Transport von LPG (Liquefied Petroleum Gas) sowie von anderen Gasen, welche unter Druck verflüssigt werden, bestehen für die Donauschifffahrt große Potenziale. Die Vorteile der Binnenschifffahrt liegen in der Massenleistungsfähigkeit des Verkehrsträgers, der hohen Sicherheit und dem geringen Transportrisiko. LPG als Energieform wird zukünftig in ganz Europa und vor allem in Osteuropa deutlich wachsen. Fahrzeuge werden auf Flüssiggas umgerüstet. In der chemischen Industrie wird das Flüssiggas verstärkt zur Herstellung von Kunststoffen verwendet.

In der Papierindustrie kann das Schiff vor allem mit seiner Massenleistung punkten. Die geringen Transportkosten pro Tonne, die ideale Eignung für lange Distanzen sowie die sehr gute Integrierbarkeit in intermodale Logistikketten machen die Binnenschifffahrt besonders attraktiv. Zu den Transportgütern der Papierindustrie zählen sowohl Fertig- und Halbfertigprodukte (Papier, Karton, Pappe) als auch Roh-, Zusatz- und Hilfsstoffe (Holz, Altpapier, Füllstoffe und Pigmente).

Die Binnenschifffahrt bietet hinsichtlich Termintreue und relativ hoher Verlässlichkeit einen erheblichen Vorteil im Vergleich zu anderen Verkehrsträgern, der sich vor allem in der zeitkritischen Automobilindustrie bezahlt macht bzw. machen könnte. Als problematisch könnte sich jedoch die niedrige Transportgeschwindigkeit erweisen.

Abfälle sind Massengüter, mit geringem Wert und geringer Abhängigkeit des Faktors Zeit. Aufgrund dieser Eigenschaften stellen Binnenschifftransporte in der Abfallwirtschaft eine interessante Alternative zu Bahn und LKW dar. Grundsätzlich sind Transporte mit dem Binnenschiff für alle Stoffgruppen, egal ob Schüttgut oder in Behältern, durchaus vorstellbar.